Le mode de disparition des GES est divers : condensation pour l'eau, réactions chimiques pour le CO2 (photosynthèse) ou pour le méthane (avec OH), ou phénomènes radiatifs pour les gaz les plus stables, tels que les halocarbures. Dans ce dernier cas, le rayonnement électromagnétique dit "dur" du Soleil ainsi que les rayons cosmiques cassent les molécules d'halocarbure ou d'hexafluorure de soufre.